1986 - 2006 гг. институт возглавляет доктор технических наук, профессор В.Н. Нуждин.
В учебном процессе стали широко использоваться технические средства и особенно вычислительная техника. В вычислительном центре института на смену устаревшим ЭВМ «Урал-2», М-222, ЕС-1022 и ЕС-1060 пришли более современные машины. На каждом факультете появились свои вычислительные лаборатории, оснащенные в основном персональными компьютерами. В настоящее время в вузе имеется 8 рабочих станций и серверов SAN и один 8-процессорный суперкомпьютер PAPSYTEC (транспьютерная станция). Транспьютеры, рабочие станции и серверы включены в единую сеть и доступны с рабочих мест в вузе и извне.
В 1980-е гг. определенное развитие получили научные исследования, которые в большей степени стали выполняться по целевым договорам не только с промышленными предприятиями, энергосистемами и станциями, но и по координационным планам научно-технического совета Комитета по высшей школе РФ. Больше стало проводиться республиканских и всесоюзных научно-методических и научно-технических конференций, традиционными стали Бенардосовские чтения. Рост научных исследований позитивно повлиял и на качественный состав профессорско-преподавательского состава: 19 человек утверждены в ученом звании профессора, 125 человек защитили кандидатские диссертации, 93 преподавателям присвоено звание доцента.
Докторские диссертации защитили: В.Ф. Глазунов, В.Н. Нуждин, Ю.Я. Щелыкалов, Г.В. Попов, В.А. Савельев, Б.М. Ларин, М.Н. Шипко, В.В. Борисов, А.В. Новиков, В.Е. Мизонов, М.С. Беккер, В.К. Слышалов, С.Н. Кадников, Ю.С. Тверской, С.В. Тарарыкин.
Повышение квалификации кадрового состава, использование технических средств и вычислительной техники позволило выйти и на более высокую ступень в подготовке инженерных кадров. В институте появилась новая система подготовки инженерных кадров - система РИТМ («Развитие индивидуального творческого мышления»). Учебный процесс в системе РИТМ можно представить в виде своеобразного технологического конвейера, элементами которого являются модули, макромодули, учебные блоки и комплексы учебных дисциплин. Для каждого из этих элементов предусмотрен свой тип контрольных испытаний: текущий контроль, промежуточный контроль (миниэкзамен), заключительный контроль (итоговый экзамен) и финишный экзамен. Использование системы РИТМ в учебном процессе, укрепление и изменение учебных специальностей, а также постепенный переход промышленности на рыночную экономику позволили перейти к подготовке инженеров по новым специальностям, а также усилить гуманитарную подготовку молодых специалистов.
В 1992 г. Ивановский энергетический институт был принят в Ассоциацию университетов России, а затем получил статус государственного энергетического университета. За более чем 62-летнее существование Ивановский энергетический институт развился в крупное учебное заведение - кузницу энергетических кадров России и уверенно передает эстафету подготовки энергетиков Ивановскому государственному энергетическому университету.
Сохранив свой традиционный профиль подготовки, ИГЭУ открыл новые направления и специальности, свойственные техническому университету, сориентировался на новые потребности государства и местного региона, в том числе предпринимателей малого и среднего бизнеса, обеспечил кадровую поддержку внедрения и развития современных вычислительных средств, информационных технологий, автоматизированных систем управления и др.
За последние 5 лет этого периода наиболее результативным было международное сотрудничество университета с учебными заведениями США. В 1994 г. ИГЭУ выиграл конкурс грантов по программам образовательных обменов информационного агентства (ЮСИА) США среди 168 учебных заведений мира и получил денежные средства в размере 487 тыс. долл. для организации стажировок, приобретения оборудования.
С целью расширения международного сотрудничества были заключены договоры с учебными заведениями:
• Королевским технологическим университетом (Стокгольм, Швеция);
• техническим университетом Брауншвейга (Германия);
• Нанкинским электроэнергетическим институтом (Нанкин, КНР);
• университетом Хонгин (Сеул, Южная Корея);
• Манчестерским университетом Виктория (Англия);
• Лейпцигским университетом (Германия);
• институтом Бода (Пекин, КНР);
• научно-техническим центром ТТ (Хельсинки, Финляндия);
• университетом Сурколомбиана (Колумбия).
В 1997 г. Ученым советом вуза принято решение об организации в ИГЭУ подготовки магистров по 7 направлениям высшего образования. В том же году приказом Министерства образования и науки России в ИГЭУ открыта докторантура по 3 специальностям: «Системы автоматизации проектирования», «Автоматизация технологических процессов и производств», «Электротехнические комплексы и системы, включая их управление и регулирование».
В настоящее время подготовка специалистов ведется на 6 факультетах дневного обучения (ТЭФ, ИФФ, ЭЭФ, ЭМФ, ИВТФ, ФЭУ), факультете заочного и вечернего обучения (ФЗВО), факультете подготовки иностранных специалистов, а также в институте повышения квалификации и переподготовки кадров для энергетики. Основными структурными подразделениями ИГЭУ являются 36 кафедр. Из них 19 кафедр возглавляются докторами наук, профессорами, а 15 кафедр - кандидатами наук, доцентами. В настоящее время в университете обучается 7600 студентов, из них 4700 на дневном отделении. Среди 450 преподавателей 40 профессоров, докторов наук и 260 доцентов, кандидатов наук.